תהליך הקבלה לדוקטורט מתחיל באיתור של מנחה המוכן להנחות את המועמד.
תלמיד המבקש להתקבל ללימודי דוקטורט יגיש בקשה בכתב לראש המחלקה. בקשה זו תידון על ידי ועדת הדוקטורט של המחלקה.
לשלב א' של לימודי הדוקטורט יתקבל מועמד אשר הוועדה תקבע כי הוא מתאים להתחיל בלימודי התואר השלישי ואשר יעמוד בתנאים הבאים:
ציון בלימודי התואר השני - 90 לפחות
ציון בעבודת הגמר - 90 לפחות
בעל תואר מוסמך במסלול הלא מחקרי (ללא עבודת גמר) בתחום היחסים הבין-לאומיים או בתחום אחר בציון 90 לפחות, רשאי להרשם כתלמיד משלים למחקר. ייתכן ותלמיד אשר תאושר קבלתו, יחוייב בכתיבת תזה ובקורסים נוספים בהתאם לשיקול הדעת של וועדת הדוקטורט של המחלקה.
תלמיד תכנית דיוויס ללימודים מתקדמים ביחב"ל יגיש את בקשת הקבלה בנוהל המפורט לעיל בתום השנה השנייה ללימודיו בתכנית.
במהלך לימודי הדוקטורט על התלמידים להשתתף במשך שנתיים לפחות, בסדנת דוקטורנטים שתתקיים אחת לשבועיים. במסגרת הסדנה יציגו התלמידים את מחקריהם בדגש על גישות ושיטות מחקר ויקבלו הדרכה וייעוץ בנושאים כגון: השתתפות בכנסים בין-לאומיים, השתלמויות בחו"ל ופרסומים.