העמותה מחלקת מדי שנה מספר פרסים ואותות כבוד:
• פרס ע"ש ד"ר גיל פרידמן (ז"ל) למאמר מצטיין של חוקר צעיר או חוקרת צעירה.
• פרס ע"ש פרופ' יעקב בר-סימן טוב (ז"ל) למאמר מצטיין בנושא של מחקרי שלום והסכסוך הישראלי-ערבי.
• אות כבוד על מפעל חיים בתחום היחסים הבינלאומיים.